Junto a la solidez de su estructura literaria, debe destacarse como rasgo esencial de los relatos de Benedetti la presencia de un elemento impalpable, no formulado explícitamente, pero que adquiere en sus textos el carácter de una potente irradiación de ondas telúricas que recorre a los protagonistas de sus historias, para ser transmitida por ellos mismos (casi sin intervención del autor, podría decirse) directamente al lector. La predilección por este género y la pericia que mostró en él emparenta a Mario Benedetti con los grandes autores del Boom de la literatura hispanoamericana de los años 60, especialmente con los maestros del relato corto (los argentinos Jorge Luis Borges y Julio Cortázar); de hecho, por el altísimo nivel del conjunto de su obra, se le concede la misma relevancia que a los restantes protagonistas del Boom, desde los mexicanos Juan Rulfo y Carlos Fuentes hasta el peruano Mario Vargas Llosa o el premio Nobel colombiano Gabriel García Márquez. En 1997 publicó la novela Andamios, de marcado signo autobiográfico, en la que da cuenta de las impresiones que siente un escritor uruguayo cuando, tras muchos años de exilio, regresa a su país.
Su literatura se hizo formalmente más audaz. Escribió una novela en verso, El cumpleaños de Juan Ángel (1971), así como cuentos fantásticos como los de La muerte y otras sorpresas (1968). Trató el tema del exilio en la novela Primavera con una esquina rota (1982) y se basó en su infancia y juventud para la novela autobiográfica La borra del café (1993). En su obra poética se vieron igualmente reflejadas las circunstancias políticas y vivenciales del exilio uruguayo y el regreso a casa: La casa y el ladrillo (1977), Vientos del exilio (1982), Geografías (1984) y Las soledades de Babel (1991). En teatro, Mario Benedetti denunció la institución de la tortura con Pedro y el capitán (1979), y en el ensayo comentó diversos aspectos de la literatura contemporánea en libros como Crítica cómplice (1988). Reflexionó sobre problemas culturales y políticos en El desexilio y otras conjeturas (1984), obra que recoge su labor periodística desplegada en Madrid. También en esos años recopiló sus numerosos relatos breves, reordenándolos, en la colección Cuentos completos (1986), que sería ampliada en 1994.